支付宝对接的是货币基金（升级前是天弘余额宝，升级后与博时现金收益货币A和中欧滚钱宝A三大货基并行），因此其收益与货币市场和相关货币工具有着紧密的联系。
1、提高了现金比例，导致收益降低。余额宝从去年四季度到今年一季度，现金资产从56.65%升至61.03%，总资产从15806.95亿元升至16950.87亿元。我们估算一下，总资产取个平均，就是16378.91亿元，新增了4.38%的现金资产，债券比例少了3.2%。也就是说大约有717.4亿的收益水平下降了，其中大部分的收益是从债券水平降到了存款的水平。好比你卖掉本来有较高收益的债券，得来的钱去存银行吃利息一样。
有人说从去年四季度到今年一季度，余额宝的收益率总体还是有些上升的，这怎么解释？很明显，余额宝是用摊余成本法来计算每日收益的，从去年到现在余额宝新增了不少资金，即使在现金比例增加的情况下，由于资金基数大，对冲了现金比例提高所带来的收益损失，收益率短期依然会上涨，但之后在基数大、现金比例高两个条件下，收益率下滑是必然的。
但基金经理肯定不傻，这么做也是有原因的。提高现金比例是为了防止恐慌性挤兑，从而发生系统性风险。毕竟这种规模的资金几乎相当于内陆一个省的GDP总量，发生任何动荡对于金融系统来说都是致命的。
2、分流后的大量资金需要立刻平摊成本，导致收益降低。这就像公司招新人一样。刚招来的新人头几个月不可能立马给你创造收益，但这几个月你得发工资，这其实说的难听点也是一种“损失”。同样，余额宝大量资金分流到博时现金收益货币A和中欧滚钱宝A，而这两只基金的规模只有30-40亿的规模，大量的“新人”资金还没建好仓，还没创造收益，却立马要分摊原有基金的收益给新增投资者，可能这些新增资金可能是基金原有规模的一倍甚至更多。这种情况下，相对以前的较高收益就会被新资金平摊掉，收益率不降低才怪嘞！
3、出于压缩规模考虑。在限存、抢购的这种遏制方法下，余额宝从去年年底到现在，总资产依然环比增长7%以上，压都压不住。因此最简单粗暴的方法，那就是降低收益率。与银行不同的是，商业银行只能说是“被”降低利率，而余额宝则是主动降低“利率”。
4、监管层希望资金回流到银行、股市等，不希望资金过于集中。因为现在互联网理财越来越发达，加上通胀，银行的一般性存款会越来越少，股票说实话这行情也很难赚钱，但股市和银行又是资金流入实体经济的最直接渠道。通过一些措施降低余额宝的收益率，也算是一种无奈之举。所以，未来的余额宝会越来越像市场上普通的货币基金，收益率不会太高，且波动更加频繁。